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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
考古发现石峁遗址目前最高等级墓地 彰显石峁社会文明化程度******
中新网西安1月12日电 (记者 阿琳娜)记者12日从陕西省文物局召开的新闻发布会获悉，考古人员在皇城台发现目前石峁城址和石峁文化最高等级墓地。据介绍，皇城台高等级墓地更加彰显出石峁社会的文明化程度，是石峁已进入早期国家形态的重要实证，是近年来中华文明探源工作的重要收获。
图为出土玉锛。 陕西省文物局供图2022年度石峁遗址的发掘集中在皇城台上，揭露了发现于2018年的皇城台高等级墓地的冰山一角。同时，为尽快促成大台基南护墙的整体保护规划，揭露了大台基西南角。
大台基西南角与最早发现的大台基东南角形制一致，为弧形转角。此次发掘还发现有十几件精美的石雕，其中以西南转角处的石雕最具特征。该石雕为青绿色砂岩制成，砌筑于大台基的西南转角处，转角部分设计为圆弧形。由于以往发现的石雕有风化不一、倒置、排列散乱等现象，模糊了对石雕用途的认识，大台基西南转角石雕的发现证实了大量砌于大台基护墙上的石雕均特为大台基所制作。
墓地择址在大台基西侧一处东高西低的坡地上，目前确认了墓地的东界、西界，南界、北界还需要进一步的发掘。在东界墙上发现有进入墓地的门道。结合之前在平行于东界墙的大台基西夹墙上发现的形制相似、位置相近的门道，专家认为这两个门道串联起了宫殿区和墓葬区。
图为皇城台墓地的墓葬。 陕西省文物局供图2022年度共发现墓葬20座，其中5座石棺墓、3座小型竖穴土坑墓、12座大型竖穴土坑墓。根据墓地内石墙的走势和大型竖穴土坑墓的排列，将目前揭露出来的墓地分为南、北两区。南区墓葬数量多，被石墙划分成数排，排列规整。
图为皇城台墓地的墓葬。 陕西省文物局供图皇城台墓地大型竖穴土坑墓的形制、出土器物与韩家圪旦地点、神圪垯梁遗址、寨山遗址的墓葬基本一致。推断皇城台高等级墓地年代不早于石峁文化中期，绝对年代在公元前2100年至公元前1800年。
据介绍，皇城台墓地为目前石峁城址和石峁文化发现的最高等级墓地，与“大台基”共同构建起皇城台上“前宫殿—后墓地”的基本格局。结合以往发现，石峁文化墓葬相似程度高，分级标准明确，等级差异明显，是讨论石峁社会的复杂化现象的重要资料。(完)
（文图：赵筱尘 巫邓炎） [责编：天天中] 阅读剩余全文（）  视觉焦点
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